No Brasil, os certificados mais utilizados, são o Certificado A1 e A3.
Independentemente da escolha, ambos os certificados digitais A1 ou A3 cumprem sua função principal: identificar a empresa, por meio de seu representante legal, à Receita Federal.
O Certificado A1 (e-CNPJ A1) é gerado em software, que fica instalado em um computador da empresa e, geralmente, tem menor custo ao portador. Porém, sua validade é sempre de 1 ano. Ao final do prazo, é preciso renovar novamente e pagar os valores referentes.
O Certificado A3 (e-CNPJ A3) é baseado em hardware, seja em token (USB) ou cartão com leitor específico em conformidade com a legislação da Infraestrutura de Chaves Públicas Brasileira (ICP-Brasil). Sua principal vantagem é a mobilidade que oferece, pois é possível levar o token ou o cartão para qualquer lugar onde a emissão de NF-e/NFS-e/NFC-e seja necessária. A validade também pode ser uma vantagem, dependendo do tipo de mídia, com duração de até três anos.